Haber amigo vamos viendo...
1ra. en #footer no cierras
2da. la medida del div contenedor no coincide con los divs internos
div contenedor 960px
divs internos >> 84+800+84 =968 ?¿ no salimos verdad?
3ra. usas float para los laterales pero el header, container y footer no
4ta. no veo tu finalidad de hacer crecer los divs con un padding-bottom
5ta y ultima. Utiliza un código mas como este>>>
Código CSS:
Ver originalhtml, body{height:100%; margin:0; padding:0;}
#Cont, .LeftPane, .RightPane, .ContPane{height:100%;}
#Cont{width:960px; margin:auto;}
.LeftPane, .RightPane{width:80px; float:left; background:#FF9966;}
.ContPane{width:800px; float:left;}
.HeaderPane{background:#FFFF99;}
.ContainerPane{background:#FFCCFF;}
.FooterPane{background:#CCFF99;}
Código HTML:
Ver original <div class="LeftPane">LeftPane
</div> <div class="HeaderPane">HeaderPane
</div> <div class="ContainerPane">ContainerPane
</div> <div class="FooterPane">FooterPane
</div> <div class="RightPane">RightPane
</div>
edito: 6ta. y ahora si ultima......el footer no te respeta el ancho simplemente porque no le indicaste un ancho