Bueno como puedes ver en el codigo que pusiste, en el array $archivo, tienes las lineas tal que
$archivo[0] ..... la primera linea
$archivo[1] ..... la segunda linea
$archivo[2]
$archivo[3]
Lo que podrias hacer es ir creando un segundo array, (por ejemplo $archivofinal), donde le iriamos añadiendo cada linea de $archivo en el caso de que $archivofinal no la contenga.
Hay una funcion
in_array() que te devuelve si existe o no.
Intenta hacerlo tu, empieza un indice (por ejemplo $indice) con valor a 0, y cuando hagas la comprobacion dentro del bucle for añadimos la linea y aumentamos el indice.
Código PHP:
if (in_array($archivo[$i],$archivofinal)) {
$archivofinal[$indice]=$archivo[$i];$indice++;
}
Me gusta no solo resolver problemas, sino tambien enseñar lo que se esta programando, asi que intentalo tu y dime que tal va