He conseguido arreglar parte del descuadre gracias a esta herramienta, por si a alguien le sirve de ayuda:
http://www.onderhond.com/tools/ie6fixer
Pero sigo teniendo un problema, y es que en IE6 el index ahora se me ve perfecto (que antes era lo que estaba más descuadrado) y en el resto de las páginas las imágenes .png se me descuadran y se me salen de los márgenes y además salen con un fondo de color que no tenían (lo del color casi me da hasta igual, porque casi no se nota, además probé con unos parches con javascript que encontré pero no me funcionaron).
Yo creo que son las imagenes que tengo de home, favoritos, mapaweb y las de los códigos de validación html y css. Pero no sé cómo arreglarlo...
Por favor, echadme una mano a corregir esto del descuadre de las imágenes .png, que ya no sé qué más hacer...!
P.D.: Lo que no entiendo es por qué en el home se ve bien y en el resto mal, si se supone que el css es el mismo...