Busque en google en 2 minutos....... primero como leer un TXT:
http://megeekanos.com/desarrollo-web...xt-usando-php/
Una vez sepas leer el archivo por lineas, te aconsejo usar una variable tipo array, que vaya guardando cada linea si es que no la contiene aun. Aqui aprendes sobre arrays:
http://www.ignside.net/man/php/arrays.php
Y por ultimo dicho array lo grabas en un nuevo txt:
http://www.abnertrujillo.com/blog/?p=219
Espero que te sirva para ir empezando con algo, saludos