Sé que puedes adaptar xDebug con eclipse. Es quizá de lo más usado.
www.xdebug.org
Igual tenía entendido había una versión del PDT que traía TODO incluido, eso es, con todo y Zend Debugger. Creo la descarga era desde el sitio de Zend... no recuerdo. Ve con ojo microscópico las opciones de descarga del PDT.
Por último, que no sea comercial, pero, ¿haz probado Netbeans?. Para mi gusto, el mejor IDE. Antes usaba igual PDT pero no me agradó.