Una aclaración más...
Si los enlaces se abren en una nueva ventana, es por que el "target" indicado no fue encontrado por el explorador.
Así que en ese caso, tenés que revisar que el nombre del marco al que la página va dirigida, coincida con el target indicado en el enlace.
Ejemplo:
Tienes un target llamado "naranja" y el enlace dice <a href="pagina.htm" target="mandarina">, la página se abrirá en una nueva ventana porque el frame con nombre "mandarina" no existe (te equivocaste de fruta porque era naranja
)
Entonces tenés que cambiar "mandarina" por "naranja" para que el enlace funcione.