sólo necesitas escapar las comillas simples del código que corresponde al JS
ya vi el otro error: tenias el onclick como si fuese un tag ( <a ...
><onclick="..." </a> ), esto es error de sintaxis, pero en el HTML
Código PHP:
echo '<td><a href="php/eliminarreserva.php?id_reserva='.$reserva.'" onclick="return confirm(\'Se va a eliminar la reserva.Esta Seguro?\');"> <img src="imagenes/botonBorrar.png" width="20" height="20" border="0"></a></td>';