Pues creo que tambien no se..., habria otra manera si me dices que ninguna te ha funcionado, creo que serviria pero no seria la correcta?
<asp:Table ID="Table1" runat="server" Width="100%" CellPadding="0" CellSpacing="0">
<asp:TableRow ID="TableRow1" runat="server">
<asp:TableCell ID="TableCell1" runat="server" VerticalAlign="Top">
TuCheckboxList
</asp:TableCell>
</asp:TableRow>
</asp:Table>
Puedes tambien mejor cambiandolo a que la tabla no sea lado del servidor sino del cliente y le das al vertical-align:middle en el style, para que sea mas liviana la carga.
A mi las tablas siempre me han funcionado 100% en las alineaciones Horizontales y Verticales e incluso las utilizo para ordenar los formularios de mi proyecto ya que la maquetazion con Divs para mi es muy tedioso, cuando aprenda con a utilizarlas hago el cambio... bueno jeje me estoy saliendo del tema
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Espero esto si te sirva.
Jsrc1990.