Me perdí un poco, pero si lo que deseas es que si la persona no seleccionó una opción de masculino y femenino, solo necesitas una condición que diga algo así
Código PHP:
Ver original<?php
?>
<input type="checkbox" name="sexo" value="I" <?php echo ($row["sexo"] != "M" && $row["sexo"] != "F" ? "checked='checked'" : ""); ?> />
<input type="checkbox" name="sexo" value="M" <?php echo ($row["sexo"] == "M" ? "checked='checked'" : ""); ?> />
<input type="checkbox" name="sexo" value="F" <?php echo ($row["sexo"] == "F" ? "checked='checked'" : ""); ?> />