Se referirá a indices primarios, donde no se permiten duplicados de datos. Pero estan los indices secundarios que son importantisimos tener los justos y necesarios.
No soy un experto ni mucho menos de la materia, pero lo ideal es crear indices secundarios para aquellos campos MUY usados en los WHERE de tus consultas, eso te va a hacer aumentar el rendimiento enormemente.
Tambien te recomiendo que uses el
EXPLAIN en tu consola para conocer que consultas son las que más carga provocan.
A ver si alguien aconseja algo mas, saludos y buen karma