Vale acabo de resolverlo, este es el código espero que te sirva, saludos.
Código:
protected void Button1_Click(object sender, EventArgs e)
{
for (int i = 1; i < 4; i++)
{
string sMiControl = "Label" + Convert.ToString(i);
Control myControl1 = FindControl(sMiControl);
if (myControl1 != null)
{
Label MyLabel = (Label)myControl1.Parent.FindControl(sMiControl);
MyLabel.Text = "Hola";
}
else
{
Response.Write("Control no encontrado");
}
}
}