ya lo solucione era concatenar con .=; aqui lo dejo:
Código PHP:
for($i=0;$i<count($_SESSION['usuario']['varguia']);$i++)
{ $coma=',';
foreach ($_SESSION['usuario']['varguia'][$i] as $k => $v)
{
if($k=='codguia') { $numgui=$v; }
}
$guifi.=$numgui.$coma;
}