Lo que quieres hacer tiene poco o nada que ver con la forma en la que realizas la consulta, sino en como muestras los resultados de tu consulta..... lo que podrias hacer es algo como:
Código PHP:
Ver original<?php
$query = "SELECT.........";
//Haces tu consulta a la base de datos
?>
<table>
<tr>
<?php
$contador = 1;
while($SACANDO_LOS_RESULTADOS){
?>
<td><?php $AQUI_VA_EL_REGISTRO_QUE_SALGA ?></td>
<?php
if($contador % 3 == 0) echo "</tr><tr>";
$contador++;
}
?>
<tr>
</table>
lo de if($contador%3 == 0) es para saber que ya haz llegado a la tercer columna y que tienes que regresar a la primera.