En ese caso te conviene usar mod_rewrite.
Con una sola regla puedes redireccionar todo lo que necesites:
Código Apache:
Ver originalRewriteRule ^(.*)$ http://destino/$1 [R=301]
Luego, con RewriteCond especificas las excepciones.
Puedes consultar el manual para información más detallada:
http://httpd.apache.org/docs/2.0/mod/mod_rewrite.html