El problema es que no puedes tener varios elementos con el mismo id. De la forma como tienes todos los <div> tendrán como id "registro".
Una solución podría ser:
Código HTML:
Ver original<div id="registro<?php echo $array['ID_CATEGORIA']; ?>">
Código Javascript
:
Ver originaldivContenido = document.getElementById('registro' + Id);
Con eso, podrás diferenciar los registros por su ID.
Y, para eliminar:
Código Javascript
:
Ver originaldivCotenido.parentNode.removeChild(divContenido);