Asumiendo que he entendido bien el asunto es una pena perder todo ese tráfico de esas urls indexadas y que no llevan a ninguna parte. ¿No existe algún patrón concreto de formato que pueda re-escribir esa url vieja al formato nuevo al llegar al servidor?
es decir, si antes era algo así
index.php?sec=1555&prod=555&LANG=Esp
que re-escriba la petición a su equivalente actual con mod-rewrite (si usais apache) e indicais en el documento la url canonica con el formato nuevo para que el buscador actualice la url en la página indexada.
/productos/producto=555
o verificar los parámetro de la querystring en la index y si detecta los antiguos que haga una redireccion 301 a la nueva.
Con eso no se pierde el tráfico de las urls indexadas y con el tiempo lo que ya está indexado actualiza las urls.
Corríjanme si me equivoco
un saludo