Haciendo eso que estas haciendo, estas usando $_GET para enviar datos, ahora, en el script tenes que recuperar los datos y de ahi, hacer lo que quieras hacer:
Código PHP:
$rut = $_GET['rut']; //Aca "obtenes" el dato pasado por la URL (en este caso, el rut)
$query = mysql_query("SELECT user FROM `users` WHERE rut = '$rut' "); //Tu query para seleccionar el usuario con dicho rut.
$datos = mysql_fetch_assoc($query);