Más importante que el atributo standalone es el atributo encoding cuando se define el xml:
Código PHP:
<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
o
Código PHP:
<?xml version="1.0" encoding="iso-8859-1"?>
También deberías revisar el xml resultante a ver si no se trata de un problema de caracteres, en cuyo caso podrías usar utf8_encode ó utf8_decode o alguna función semejante. Y quizá te convendría envolver la salida en nodos cdata.
Te vendría bien echarle un ojo a este magnífico trabajo de caricatos:
http://www.caricatos.net/DOM/ajax.php