Detectado el problema:
Lo que ocurría era que añadia elementos al documento del iframe antes de que este estubiera totalmente cargado.
La solucion fue llamar a la funcion que genera los elementos a traves del manejador de evento "load". En mi caso que uso Prototype:
Código Javascript
:
Ver originaliframe.observe('load',function()
{
//Generamos los elementos que queramos
});
Muchas gracias.