Podremos ayudarte si tú nos ayudas a entenderte
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De todos modos, lo que tienes que hacer es iterar sobre tus checkboxes para saber cuáles están checkeados, armar con sus ids una cadena y pasarla mediante AJAX a un script que lo procese y que devuelva algún flag para indicar que todo ha ido bien. Si ese flag se recibe, simplemente remueves los checkboxes eliminados del DOM. Supongo que esa es la idea general, intenta hacerlo tú y si tienes problemas con algo, pregunta. Pero intenta hacer preguntar más particulares, porque la otra alternativa es escribir todo el código, pero la idea es que lo hagas tú. ¡Suerte!
