NOTA una cosa importante, ya que parece ser que usas urls amigables...
por lo general, si usas
setcookie() ésta función toma la ruta actual para almacenarse, para evitar discrepancias entre directorios o en tu caso,
clean_urls:
debes agregar una ruta absoluta como argumento de
setcookie(), para que sin importar donde este ejecutándose tu script siempre lea las cookies correctas...
Código PHP:
setcookie("nombre", "valor", time() + 86400, "/");
por favor, revisa el manual
http://php.net/setcookie