Ok, veo es un parámetro propuesto para HTML 5... No le encuentro un sentido, la url destino es más que suficiente para saber si un link es interno o externo, pero en todo caso eso es algo para discutir en el foro de WHATWG ;)
El punto es que de momento, trabajando con XHTML 1 o HTML 4 esa propiedad no hace nada, y tampoco tiene influencia alguna en los motores de búsqueda, por lo que la duda de si se debe colocar en links a un subdominio es irrelevante. Preocuparse por eso ahora sería prepararse para un futuro que está muy lejano e incierto. Y lamentablemente, en el
draft de HTML 5 tampoco aclaran si se debe usar en un subdominio o no :(
Volviendo al tema de cómo trata google los subdominios, entiendo que son tomados como sitios distintos, con la única limitación que no se muestran dos subdominios del mismo dominio en los resultados para key específica. Eso desde hace tiempo es así para evitar abusos como crear subdominios tipo palabraclave.dominio.com, y que te adueñaras de los rankings listando la página principal, una página interna, y el subdominio. Ahí debo confesar que más de una vez lo hice jajaja, en
buscouni terminé con el sitio con ocho sitelinks en primera posición, la página interna en segunda, y el subdominio en tercera posición. Google ownage xD