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Iniciado por DragonX 
Como no recuerdo las 500 url's anteriores y no tengo el sitemap antiguo, no puedo borrar todas las url que ya no existen, asi que lo que estoy haciendo es revisar cada X días en la herramientas de Web master de google que URL's no fueron encontradas y las elimino desde este mismo lugar (Herramientas de Web Master de Google).
Hay un inconveniente, las páginas que tengan links externos volverán a aparecer una y otra vez mientras el link exista, si bien coincido con Daniel en que tener menos errores en webasters tool es beneficioso, en este caso es muy trabajoso.
Lamentablemente, ya he visto esto y es solo cuestión de esperar. A google le lleva algunas pasadas del robot determinar si las páginas ya no existen o es un sitio dado de baja o un server que ese día no responde. La nueva indexación va de la mano con esta corroboración y lleva tiempo.
Saludos.
Zero Zen.