Cita:
Iniciado por richicasas 
Los motores de busqueda consideran las dos URL como diferentes. Pero para esto existe la canonicalización, que consiste en indicarle al buscador cual es la version de la URL que quieres que indexe.
Código PHP:
<link rel=”canonical” href=”http://www.xxx.com/” />
La anterior etiqueta la agregas en el head de tu documento y le estas indicando al buscador que
www.xxx.com/index.php no la tenga en cuenta pero si
www.xxx.com.
Espero te sirva.
Aclaración: Lo anterior es la solución para que los buscadores no manejen urls diferentes a la hora de indexar tu contenido. Además debes tener en cuenta si la web es antigua cual tiene mejor ranking si con el /index.php o sin el, para asi indicar en la etiqueta canonical.
Estas seguro que con la etiqueta rel=cannonical ya basta?
No hace falta las sintaxis del .htaccess?