Los usuarios, al menos en cuanto a permisos, no tienen un límite fijo o modificable de tiempo de conexión. Lo que se puede definir a través de GRANT es:
- cantidad de conexiones simultáneas
- cantidad de conexiones/hora
- cantidad de UPDATES/hora
- cantidad de consultas/hora
Infortunadamente, tu problema puede estar causado por una
variable de servidor, lo que significa que no podrás modificarlo a menos que reconfigures el server mismo de MySQL... con todos los problemas que ello implica.
El corazón del asunto es la variable wait_timeout, la que según el manual de referencia:
Cita: wait_timeout: Número de segundos que el servidor espera para recibir actividad en una conexión no interactiva antes de cerrarla.
En el arranque de un thread, el valor de la variable de sesión wait_timeout se inicializa de la variable global wait_timeout o de interactive_timeout, dependiendo del tipo de cliente (como se define en la opción de conexión CLIENT_INTERACTIVE de mysql_real_connect()).
En realidad tu problema se solucionaría haciendo toda la tarea directamente en un script, y no on-line. Simplemente ejecutarías el script de creación y eso sería todo.
¿Has probado eso?