antes de añadir selecciona el ultimo elemento, algo como esto
Código HTML:
<html>
<head>
<script src="http://code.jquery.com/jquery-latest.js"></script>
<script>
var i = 6;
function loadSearch()
{
$('#contenedor div:last').hide('slow', function () {
$(this).remove();
});
$('#contenedor').prepend("<div>nota "+(i++)+"</div>");
}
$(document).ready(function(){
setInterval("loadSearch()",1000);
});
</script>
<style>
div>div{height:20px; width:100px; background-color:red; margin:5px}
</style>
</head>
<body>
<div id="contenedor">
<div>nota 5</div>
<div>nota 4</div>
<div>nota 3</div>
<div>nota 2</div>
<div>nota 1</div>
</div>
</body>
</html>
primero busco el ultimo div, lo oculto y lo borro, luego agrego un div al principio