El "mundo" Java EE (ya no se llama J2EE
) no es un mundo, es un universo entero y es difícil decir por donde empezar. Lo más importante de todo es que aprendas y experimentes con lo que son las tecnologías web (HTML/HTTP/JavaScript/CSS) por que sabiendo eso, podrás aprender cualquier forma de trabajar en web de forma mucho más sencilla, ya que todo acaba basándose en lo mismo.
Una vez dicho esto, escoge un framework "famoso" que a primera vista no te desagrade mucho y empieza por ahí (Struts 2/Seam...). Tranquilo que más tarde seguro que acabas cambiando y aprendiendo otros ( si no, es que algo falla por que ninguno sirve para todo ni es perfecto
).
Necesitaras un contenedor de servlets / servidor de aplicaciones Java EE (Tomcat y GlassFish son de lo más famosillo hoy en día aunque no uso ninguno de los dos y me decanto por Resin) e igualmente es importante entender como funciona lo de crear / desplegar aplicaciones, actualizarlas etc.
No olvides leer aunque sea por encima las especificaciones importantes como la de servlets y Java EE por que aunque puede ser confuso el lenguaje, la información siempre es mejor de las fuentes. Ah, y no dejes que los IDEs lo hagan todo por ti hasta que no domines el tema o nunca sabrás exactamente lo que estás haciendo y luego no sabrás arreglar cosas que fallen.
Un saludo y suerte, no sabes donde te metes
.