Yo he trabajado con thickbox y es muy facil de implementar
http://jquery.com/demo/thickbox/
Aunque si quieres no hace falta que hagas eso con thickbox ó lightwindow, con una simple CSS que te crees.
.pantallageneral{
background-color:Gray;
filter:alpha(opacity=70);
opacity:0.7;
}
y otro div que contenga esta clase donde puestres el flash ó lo que quieras
.contenido{
background-color:White;
padding:10px;
width:370px;
border-width: medium;
border-color:Black;
border-style: solid;
}
Pero bueno pregunta en el foro de Estilos que te aconsejarán mejor.
Aqui tienes un ejemplo de lo que quieres en flash:
http://www.dpopup.com/examples/txfla...-txflash1.html
Aunque busca en google con las palabras: transparent popup flash
suerte