es igual, no debe haber diferencias... (
al menos no lógicamente)
vaya, el PHP embebido se interpreta donde lo colocas... y para ello, dependiendo de tu resultado puedes intervenir donde te haga falta... no importa si es XML, HTML, CSS, etc...
Código PHP:
<a href="<?php echo the_link(); ?>"<?php
if (is_home()) echo ' class="alt"';
?>>El enlace</a>
<?php
$class = is_home()? ' class="alt"': '';
echo '<a href="' . the_link() . '"' . $class . '>El enlace</a>';
?>