Si quieres trabajar con app desde otra funcion, te recomendaría que lo pasaras como argumento de una función.
 
Por ejemplo:   
Código Python:
Ver original- #!/usr/bin/env python 
- #Base.py 
- import Controller 
- import functions 
-   
- if __name__ == "__main__": 
-     app = Controller.Controller() 
-     functions.f1(app) 
-     functions.f2(app) 
-     app.start() 
Mientras que en tu modulo functions.py   
Código Python:
Ver original- #!/usr/bin/env python 
- #functions.py 
-   
- def functions.f1(app): 
-     #Código misterioso 
-   
- def functions.f2(app): 
-     #Mas código misterioso