deberias pasarle un groupby a tu sql
select FROM cuota, cliente WHERE cliente_cuota=id_cliente order by fecha_cuota desc
algunos tips
regresar * en casos esepcionales, sino devolve solo los datos q necesitas
a las tablas agregarle alias y hacer la convinacion con join
quedaria algo asi
select cli.id_cliente, cuo.fecha_couta FROM cliente cli join cuotas cuo join (cli.id_cliente = cou.cliente_couta) groupby cli.id_cliente order by fecha_cuota desc
si queres todos los clientes por mas q no tengan cuota deberias hacer un left join
