Porqué ahi que borrar los virus en modo a prueba de fallos

[Aus]

No es que sea mas efectivo. Existen virus que se instalan en el mbr, y se activan con solo encender el sistema(operativo). Existen otros que se activan cuando el sistema arranca, no previamente a esto, como el anterior, etc etc.
Dentro de este ultimo caso, ya depende de lo bien, o menos bien que este programado. Es decir, que su activacion se limite a poner un archivo en inicio-ejecutar, o a insertar una clave de registro en el lugar adecuado de forma que esta se ejecute con cada arranque del mismo.
Cuando arrancamos el sistema en "modo a prueba de fallos", no se arranca todo el sistema. Es decir, no se cargan todos los modulos, no se ejecuta cada entrada del registro, etc etc.
Al no ejecutarse todo lo que se ejecutaria en un arranque normal, existe la posibilidad de que el malware no entre en acción, y al no controlar lo que ocurre en el sistema, un antivirus podría detectarlo y eliminarlo.
Esto es en pocas palabras. :)