Prueba a utilizar el
ERD Commander, trata de bootear el Windows Vista con él, analiza tu sistema en busca de fallos, y utiliza una de sus herramientas para verificar tus particiones.
En el link que te dejé explica detalladamente que hace cada herramienta del ERD Commander.
PD: El
ERD Commander posee un
command prompt, por consiguiente puedes intentar hacer el
chkdsk desde él.
S@ludos y Éxitos.