SI hoy tienes la tabla vacía, simplemente usa ALTER TABLE para cambiar la columna (por detalles, consultar el manual de referencia:
13.1.2. Sintaxis de ALTER TABLE).
Algo como
P.D.: Cuando encuentres a alguien a quien se le hayan acabado los numeros de un INT o BIGINT autoincremental, comentalo en el foro. Yo hasta ahora nunca lo vi (antes de eso deben reestructurar la base para implementar un DW).