Código PHP:
if ($arch != "." && $arch != "..") {
echo "<li><a href=\"files/ciencies/".$arch."\">".$arch."</a></li>\n";
pues..simplemente dice que si el archivo es distinto de "." y tambien distinto de ".." se imprimira "<li><a href=\"files/ciencies/".$arch."\">".$arch."</a></li>\n"
yap?
pasa es que los directorios, tienen archivos u referencias ( es que no se que son ) que la funcion opendir las toma con los nombres ". " y ".." pero en realidad no son archivos...
espero haber ayudado en algo.