El intento de conexión está durando demasiado tiempo y el sistema operativo te está volteando el enlace.
Se trata de algo que puedes resolver consultando el
manual de referencia:
MySQL server has gone away.
Lee
todas las situaciones y verifica
tu mismo cuál es el caso de
tu problema.
Si
ninguna se cumple,
entonces hay que verificar por
bugs de la versión de MySQL que usas.