porque no, cuando se registra el usuario generas un numero random y lo guardas en una tabla de mysql, despues envias un email al usuario con el link por ejemplo
http://www.paginaweb.com/confinrmaci...go=71387123123
en confirmacion.php obtenes el codigo por $_GET y lo comparas con el codigo de la DB, si el codigo esta bien, coinciden... bueno... y despues depende de como lo hayas echo, o modificas un valor en la DB de false (no confirmado) a true (confirmado) o como quieras.
Yo creeria que esa es la forma mas simple de hacerlo, y funcional.