Holas,
Cuando inicias desde cero tu windows, revisastes si se incia en los procesos el mysql? (msconfig), por seacaso puedes borrar de los servicios el mysql instalado antes (
http://ir.pe/vn5).
Luego lo pasas tambien por seacaso para ver si se inicia o no en los procesos con el HijackThis, y lo reparas para que ya no cargue el mysql, luego lo borras tambien la carpeta que creo que tambien lo hicistes.
Y luego instala nuevamente el nuevo MySQL que deseas.
Saludos
Gildus