no es que iexplorer6 no respeta los z-index, de lo contrario no pudieras hacer sobreposicion de elementos. una vez lei que ese problema esta relacionado a que iexplorer crea los elementos a modo de "ventanas" en su codigo interno. no sabria como explicarlo, pero mas o menos es que al tener un bloque despegable para mostrar las opciones, el navegador crea un tipo de ventana que se superpone ante todos los contenidos. entre las soluciones, tendrias que esconder todos los select con visibility:hidden de css. el problema es que no se puede hacer solo con css, tambien necesitas javascript para esconderlo cuando algun elemento se superpone al contenido.
un enlace donde se reporta dicho error en el KB de microsoft,
http://support.microsoft.com/default...78&Product=iep lo encontre luego de haber escrito el mensaje
@edit,
aqui una solucion puramente en css. lo que no me gusta es que utiliza IFRAME. aclaro que tampoco lo he intentado.
http://20.targetprocess.com/2006/07/...x-problem.html