Joomla es un sistema de gestion de sitios web hecho en PHP, asi que hablando correctamente tu duda no es si usar Joomla o PHP, es si usar o no joomla =)
A mi personalmente joomla no me gusta, pero acepto que es una manera facil y rapida de poner a funcionar un sitio web y de administrarlo sin tener muchos conocimientos de programacion
Para saber mas sobre joomla te recomiento que busques en google, en este foro, en
http://www.joomla.org/ o en
http://es.wikipedia.org/wiki/Joomla!
Saludos!