Nunca me ha pasado el problema que dices,
Igual tienes algún problema con el locale, o con el NumberFormat.
comprueba aquí a ver si encuentras algo que te pueda servir:
http://www.programacion.com/java/tutorial/i18n/9/ http://www.scribd.com/doc/6724628/Ti...-Datos-en-Java
o en vez de con un double podrías trabajar con un BigDecimal, que funciona mejor con números muy grandes. BigInteger si no tienes parte decimal. Suerte.