Tu problema no es de javascript es de CSS
Cita: <div id="capa" style="width: 450px; height: 200px; background-color: #E0E0E0; border: 1px solid #666666; position: absolute; overflow: hidden; left: 80px; top: 50px; display:table;">
<div id="cuadro" style="position:absolute; background-color: #889DA6; left:100px; top: 60px; width:50px; height:50px; display:table;"></div>
</div>
El problema lo tenes con "display: table"
Borralo tanto de "capa" como de "cuadro" y vas a ver que anda perfectamente.