Si no colocas el trozo completo de código ni dices qué archivo de la plantilla estás tocando va a ser difícil ayudarte. La etiqueta debe ir dentro del loop (por lo que mencionas parece que está fuera). Como la estás mostrando está bien escrita, seguro es una tontería. Pega el código y lo vemos.
Cuando coloques el código en el foro, usa el menú Highlight y elige "php". Es mejor ver tu código así:
Código PHP:
Ver original<a title="my caption" rel="lightbox[uniqueID|filename]" href="">
<?php wp_smart_image('size=med&type=single') ?>
</a>
que así:
<a title="my caption" rel="lightbox[uniqueID|filename]" href="">
<?php wp_smart_image('size=med&type=single') ?>
</a>