POR FIN!!!
bueno amigo... lo logre despues de tanto pensar...y publico la solucion por si alguno algun dia pasa por lo que pase jejejeje...
al final deje el mismo for pero con este cambio.
Código PHP:
for($i=0;$i<$_POST['contador'];$i++){
$xid=$_POST['xid'][$i];
$xp1=$_POST['xp1'][$i];
$xp2=$_POST['xp2'][$i];
$xacum=$_POST['xacum'][$i];
$xn1=$_POST['xn1'][$i];
$xn2=$_POST['xn2'][$i];
$xn3=$_POST['xn3'][$i];
$xn4=$_POST['xn4'][$i];
$xnact=$_POST['xnact'][$i];
$xaus=$_POST['xaus'][$i];
$sqlcrear = "INSERT INTO estudiante_nota(id,id_estudiante,id_grado,parcial1,parcial2,acum,nota1,nota2,nota3,nota4,nact,id_asignatura,periodo,aus)";
$sqlcrear = $sqlcrear." VALUES('NULL', $xid, $_POST[grado], $xp1, $xp2, $xacum, $xn1, $xn2, $xn3, $xn4, $xnact, $_POST[asig], $_POST[periodo], $xaus)";