Tu estás modificando la template para insertar un swf en una posición determinada, correcto?
Pues para que se vea el swf tienes que hacer una de dos: coregir el script que te da la publicación del flash poniendo una ruta absoluta a la animación y no relativa (es decir, la ruta donde estará el swf:
http://www.tupagina.com/images/anima...ianimacion.swf), o bien puedes dejar la ruta relativa que haya quedado en el script de publicación del flash, pero vas a tener que mover el swf como si hubieras puesto el script en el index.php de la raiz del joomla y no en el index.php de la template.
No sé si se entiende o es un galimatias, así que te lo explico de otro modo. Tienes dos opciones, expuestas de modo sencillo:
1 -modificar el script de publicación de joomla y poner la ruta al swf absoluta, apuntando al sitio donde subirás la animación.
2 -publicar la animación de modo que el script y el swf se guarden en el mismo nivel, insertar el script en la template, y guardar el swf en la raiz de tu sitio joomla.
Un saludo.