Cita:
Iniciado por banderas20 
Se agradece, pero lo quiero ejecutar bajo Windows.
¿alguna opción más?
No se me ocurre nada, de todas formas este comando está mal:
chown –R root.root intranet
Es chown -R root:root intranet
Que quiere decir asignar usuario root con grupo root en modo recursivo a la carpeta intranet y todo lo que se encuentre dentro de ella.
chmod –R 775 intranet
Esto asigna permisos 775 a la carpeta intranet y todo lo que se encuentre dentro de ella.
En Linux para ver los permisos de un directorio: ls -l
Lo que se me ocurre es que intentes imitar esa configuración de permisos, aunque no estoy seguro que ese sea el error.
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De todas formas revisa la configuración de la aplicación, según entiendo veo un problema de rutas y no de compatibilidad... Es probable que la aplicación esté configurada como si estuviera instalada en otra localización.