A ver, suponiendo que tienes las 3 clases en la lista (que fue lo que entendí en un inicio):
Código PHP:
$lista_colores=array('S1','S2','S3');
Podrias usar esta condicion:
Código PHP:
$indice++;
if($indice==1)$color=lista_colores[1];
else{
if($indice '%' 2==0)$color=lista_colores[0];
else{
$color=lista_colores[2];
}
}
Luego va la impresion de los <li> cada uno con su determinada clase (s1, s2 o s3)... espero haberte ayudado, suerte.