Lo que puedes hacer es colocar el script en una posición absoluta, y te quedará por encima del marco.
Ejemplo:
<div style="position: absolute; top: 5; left: 5; width: 700; height: 150">aquí tu menú</div>
<iframe name="I1" width="700" height="301"></iframe>
el valor height: xx debe ser del
alto total del menú.
Aquí te puse un ejemplo (es un tanto feito) pero está hecho para que veas como "algo" puede superponerse a un iframe.
Has click en el enlace para ver el ejemplo:
http://www.hazteunsitio.com/public/c...ikos/capas.htm
Cualquier duda, vuelve a consultar.
