Hola:
No, no... Ajax no modifica nada... además, los cambios "visibles", solo son la parte javascript de Ajax... pero el código fuente, nó... a no ser que tú así lo programes, pero tampoco sería Ajax, sino el lenguaje del servidor que uses...
Es una respuesta algo compleja... digna de la pregunta.
De paso te muestr un viejo tema:
Probador de código php.
Saludos