Acceso remoto al servidor MySQL

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Otro detalle que tienes que tener en cuenta es la IP. Dices que vas a conectarte desde un programa para escritorio, es decir que la conexión es bastante posible que entregue una dirección de IP dinámica y eso supondrá un problema para lo que quieres hacer dado que...

Si tu IP es dinámica eso quiere decir que cambiará cada vez que te conectes o desconectes de Internet. Y entendiendo que limitarás el acceso a ciertas IP's a tu servidor de hosting entonces con esta situación tendrás que colocar tu nueva IP en la configuración de tu servidor para que la acepte de ahora en más, puesto que sino será bloqueada por el firewall.

En este caso tienes una solución que no es así. Se trata de la opción % en servidores que estén usando cPanel. ¿De qué sirve esto? Sencillamente que puedes indicar que todo un determinado rango podrá acceder a tu servidor...
En este punto, por ejemplo, si tu IP siempre es 100.15.x.x y finalmente siempre varian "x" y "x" en sus respectivas localizaciones pero 100 y 15 se mantienen intactos (esto es por que tu ISP tiene un rango asignado) entonces podrías poner en la configuración:
100.15.%.%

¿Qué hará esta función? Simplemente que todo el rango 100.15.x.x podrá acceder al servidor. En este punto sería lógico pensar que esa es la solución al problema pero no lo es...
¿Por qué? Aplicando esa solución dejarías abierto la puerta a que cualquier persona dentro de ese rango pueda acceder al servidor... Seguramente no sepa tu contraseña, seguramente no sepa y así podemos seguir con infinitas posibilidades pero... es una puerta abierta que está allí. ¿Dificil de lograr acceso? Eso déjaselo al atacante, pero no le facilites la tarea.